Был заключен договор долевого инвестирования в июле 2008г, оплата была произведена полностью. По договору срок сдачи назначен на 3 квартал 2009г. Неда...

Уже традиционная (и от этого не менее опасная) тактика застройщика: подпишите допсоглашение о продлении или расторгнем Договор.
"Могут ли возникнуть какие-то другие сложности?"
==>сложности, уже однозначно возникли. Готовьтесь к борье, допсоглашение не подписывайте. Взыскивать неустойку придется уже только в судебном порядке (и почему меня это не удивляет).
Не верьте на слово застройщику.

Застройщик не может расторгнуть договор в одностороннем порядке из-за того, что вы не хотите подписывать досоглашение о переносе срока, если вы выполнили все условия по нему, главное - полностью оплатили свою долю. Не бойтесь.
По поводу неустойки: вы можете ее требовать даже за перенос на 1 месяц. Другое дело, если в договоре долевого участия прописано, что Застройщик может перенести срок окончания строительства на 6 мес. и вы подписали такой договор, тогда с этим ничего не поделаешь - вы согласились с такими условиями.
Идите в суд и подавайте на неустойку.

Ничего не подписывайте, неустойку требуйте в судебном порядке. Договор застройщик не расторгнет в одностороннем порядке это абсолютно точно. Если подпишите доп.соглашение потеряете права на взыскание неустоки.

Я бы не была столь категорична в этом вопросе. На моей практике, ещё НИ ОДИН ОБЪЕКТ в Москве и области, продаваемый п 214-ФЗ не сдавался вовремя. 1. Могу сказать с уверенность на 95 %, что Застройщик не понесет это доп. соглашение на регистрацию. Ему оно нужно для защиты - если вдруг дольщик передумает. При выходе проекта просчитываются все издержки и регистрация дополнительного документа в планы застройщика не входит.2. К сожалению, Вас могут просто поставить "в конец списка" при подаче на регистрацию права собственности и при передаче квартиры.
3. Проблем при регистрации права собственности не будет при любом Вашем решении, т.к. этот документ для оформления прав собственности не требуется.

Здравствуйте!
Вы должны понимать, что подписав дополнительное соглашение о переносе срока сдачи объекта Вы добровольно отказываетесь от неустойки за срыв срока ввода объекта.
Поэтому целесообразно договор не подписывать, это уловка.
Если Вы выполнили свои обязательства по ДДУ в полном объёме, то оснований расторгнуть ДДУ у застройщика нет.