Скажите пожалуйста, неустойку за задержку окончания стоительства когда надо требовать? После подписания акта приема-передачи квартиры? И что тогда над...

Неустойку по ДДС можно предъявить в любое время, но  в пределах срока давности( срок давности 3 - года). Убежден, что для дольщика тактически оправданным будет предъявление неустойки после подписания акта приема-передачи. Кстати факт просрочки можно отразить и в акте.  Требования неустойки вытекает из закона 214-ФЗ.
333 ГК РФ - это право суда., т.е. возможность субъективной оценки соизмеримости требований с нарушенным правом

Если у Вас договор долевого участия прошел процедуру государственной регистрации, то необходимо обращаться в суд с требованием об уплате неустойки, рассчитанной по ч. 2 ст. 6 214-ФЗ.
Если ДДУ не прошел государственную регистрацию, то Вам необходимо расчет делать в соответствии с Законом о ЗПП - 3%.
В соответствии с пунктом 12 Постановления Пленума Верховного суда Российской Федерации от 29 сентября 1994 года № 7 «О практике рассмотрения судами дел о защите прав потребителей» суд в соответствии со статьей 333 Гражданского кодекса РФ вправе уменьшить размер неустойки, если она явно несоразмерна последствиям нарушения обязательств. При этом судом должны быть приняты во внимание степень выполнения обязательства должником, имущественное положение истца, а также не только имущественный, но и всякий иной, заслуживающий уважения, интерес ответчика.