У нас двойной балкон ,на него выходят окна кухни и комнаты, мы убрали все окна и двери из кухни и комнаты.Нам нужно оформлять перепланировку.

Здравствуйте. Да нужно.
Согласно п. 1.7.1 Правил и норм технической эксплуатации жилищного фонда переоборудование жилых помещений может включать в себя в том числе: перенос и разборку перегородок, перенос и устройство дверных проемов, разукрупнение или укрупнение многокомнатных квартир, устройство дополнительных кухонь и санузлов, расширение жилой площади за счет вспомогательных помещений, ликвидацию темных кухонь и входов в кухни через квартиры или жилые помещения, устройство или переоборудование существующих тамбуров.
Всего доброго.

Чтобы Вы ни сделали - всегда все нужно оформлять. К сожалению
Всего хорошего

При указанных Вами обстоятельствах, это называется узаконивание сделанной перепланировки.
А узаконить её возможно только в суде: подать соответствующее исковое заявление.
Если суд узаконит сделанную вами перепланировку, вынесет постановление, то она останется. Если суд откажет, то Вас, как правило оштрафуют (сумму около 5 000 рублей) и предложат привести всё в исходное.
Особенно остро этот вопрос встаёт, если Вы это жильё будете продавать. Почему? Потому что, документы на квартиру у Вас без учёта ваших сделанных изменений. А это значит, вышеуказанное по оплате и приведению жилого помещения в требуемый вид ложится на покупателя.