здравствуйте! сегодня мне пришел официальный отказ о приобретении доли за счет "материнского капитала". Их мотивации: 1) 1/2 доли на вышеуказанны...

Мое мнение, что "обналичивать" материнский капитал (как вы пишете) - НЕЗАКОННО!

Вариантов развития событий - четыре.
1. вы оспорите решение в суде, и все будет хорошо.
2. если вы не оспорите решение в суде, то возьмите ипотечный кредит в размере немного большем мат капитала, и купите эту долю, с последующим залогом всего объекта. Только сначала необходимо согласовать объект залога (ваш дом) с банком, ибо если он старый ветхий и т.д и т.п. то банк может и не взять его в залог.
3. вы можете связаться с жуликами, которые "обналичивают мат. капитал", но знайте - что это уголовно наказуемое деяние.
4. подождете, оговоренное законом время, и получите его на руки.

Для полноценного ответа на вопрос также неплохо знать, доля в каком именно "вышеуказанном доме" планировалось купить.
Если дом однокомнатный, 1/2 его доли Вы в принципе не сможете приобрести таким образом.
Не понятно вообще, что означает фраза "...дом реально не разделен на изолированные жилые помещения". Это как такое может быть вообще? Может быть, это конюшня?

Также будут огромные сложности, если комнаты две, но они существенно разно площади, и - как написано - "Приобретенная доля в праве общей собственности в натуре не выделена".

Действительно, в силу прямого указания закона  (согласно ч.2, ст 15 ЖК) такая доля в доме совершенно не отвечает требованиям, предъявляемым к ЖИЛОМУ помещению.
А именно такое помещение и может только быть элементом предмета сделки по использованию МК на улучшение жилищных условий.